به سه طریق آب تصفیه می شود.
1) از طریق کلر زنی: کلر زدن به آب باکتری ها و مواد مضر درون آب را از بین می برد اما گازی است سمی و چنانچه در کاربرد آن نکات ایمنی رعایت نشود ممکن است باعث انفجار و مسمومیت گردد .
به علاوه مانند تمام روشهای شیمیایی ،ماده ای به آب افزوده شده و طعم آن را تغییر می دهد و هزاران ترکیب خطرناک و سرطانزا پدید می آورد . امروزه مشخص شده که کلر با مواد آلی درون آب ترکیب و واکنش داده و با تشکیل تری هالو متانهای چیزی حدود 500 ترکیب کارسینوژن ایجاد می کند. که سرطان زا هستند.
2) ازون گازی است تقریبا بی رنگ با بوی ترش با قدرت اکسیداسیون بالا. مولکول ازون پایدار نبوده و در نتیجه نمی توان آن را انبار یا حمل نمود . این امر باعث می گردد که تولید ازن همواره در محل انجام گیرد . لذا مرحله حمل و انبارمواد شیمیایی در این روش حذف می شود.
3) درمیان روشهای فیزیکی ، پرتو دهی از دیر باز مورد توجه بوده است . پرتوهای مورد استفاده در این روش به دو دسته پرتو یونیزان ( شامل پرتو ایکس، گاما، بتا و آلفا ) و پرتو فرابنفش (UV)تقسیم میشوند . پرتو یونیزان به دلایل عدم دسترسی عموم به منابع تولید آنها ( عمدتا ایزوتوپهای رادیو اکتیو )، خطر کاربرد آنها توسط عموم مردم و نیاز به تخصصهای بالا و همچنین قدرت کم نفوذ برخی از آنها کمتر مورد استفاده قرار می گیرند و منسوخ شده است.